در آخرین روز تابستان ۱۳۵۹ با تهاجم هوایی عراق جنگی آغاز شد که ۲میلیون کشته و معلول داشت، ۵۰شهر ویران شد، ۴میلیون آواره گشتند و بیش از هزار میلیارد دلار خسارت به‌جا گذاشت. جنگی خمینی زمینه‌ساز و منتظرش بود تا در پوش آن هر صدای مخالفی را در نطقه خفه کند.
خمینی ۵ماه قبل، در تاریخ ۱۹فروردین ۵۹ ضمن فرمان جهاد به مردم عراق برای سرنگون کردن رژیم صدام حسین به ارتش تحت‌امرش فراخوان داد و در همان ایام با تلاش برای ترور وزیر خارجه عراق و دخالتهای مرزی زمینه‌های حمله را فراهم کرد و آن را یک نعمت الهی نامید.
با شروع جنگ، نیروهای مجاهدین برای اخراج اشغالگر و تهاجم خارجی به میدان جنگ شتافته و با ممانعت و مزاحمت و آزار و دستگیری از جانب پاسداران روبه‌رو شدند. در این میان تعدادی در جبهه به‌شهادت رسیدند و تعدادی دستگیر شدند. اسیرانی که پس از ۸سال تحمل زندان و شکنجه در زندانهای اهواز و اوین و گوهردشت، در جریان قتل عام زندانیان سیاسی در سال ۶۷ حلق‌آویز شدند.
در خرداد ۱۳۶۱ با آزاد خرمشهر نیروهای عراقی به پشت مرزهای شناخته شده بین‌المللی عقب‌نشینی کرده و دولت عراق خواهان آتش‌بس شد. از این تاریخ مجاهدین ادامه جنگ را نامشروع دانستند. مجمع عمومی ملل متّحد، در روز ۲۲اکتبر۱۹۸۲(۳۰مهر۶۱)، قطعنامه‌یی را مبنی بر آتش‌بس فوری جنگ بین ایران و عراق و عقب‌نشینی نیروها تا مرزهای بین‌المللی به تصویب رساند، اما خمینی که جنگ را سرپوش بحرانهای سیاسی و اجتماعی و اهرمی برای سرکوب و اختناق ساخته بود، نپذیرفت.
هفت ماه پس از خروج نیروهای عراقی از خاک ایران در روز ۱۹دیماه ۱۳۶۱، مسعود رجوی با طارق عزیز نایب نخست‌وزیر عراق در اور سور اواز بیانیه‌یی را که به بیانیه صلح مشهور شد، امضاء کرد. مفاد این بیانیه «بر استقرار صلح عادلانه و حل و فصل مسالمت‌آمیز اختلافات دو کشور از طریق مذاکرات مستقیم بر اساس تمامیت ارضی، استقلال کامل، عدم مداخله در امور داخلی یکدیگر، احترام به اراده آزاد دو ملت ایران و عراق، روابط حسن همجواری و همکاری متقابل در خدمت آزادی، صلح و ترقی و ثبات منطقه» تأکید کرده بود.
مسعود رجوی ـ طرح صلح شورای ملی مقاومت
دو ماه بعد از ابتکار مسعود رجوی و ملاقات صلح، شورای ملی مقاومت در ۲۲اسفند ۱۳۶۱ طرح صلحی را به اتفاق آراء به تصویب رساند که «قرارداد ۱۹۷۵ الجزایر و مرزهای زمینی و رودخانه‌ای مندرج در این قرارداد را مبنی صلح عادلانه و پایدار اعلام» می‌کرد.
مهدی ابریشمچی در تشریح علت مخالف خمینی با آتش‌بس می‌گوید:
رژیم آخوندی از همان لحظه روی کارآمدنش، در پی جنگ خارجی بود و هنوز هم این خواسته‌اش، ادامه دارد. چرا که رژیم این جنگ را برای سرپوش سرکوب داخلی می‌خواست و این‌که بتواند سرکوب را ادامه دهد. هیچ چاره دیگری هم نداشت و تجارب کافی هم از رژیم سلطنتی گرفته بود. البته رژیمهای دیکتاتوری همیشه همین‌طور هستند. چرا که وقتی رژیمی به مردم متکی نیست، باید به سرکوب متکی باشد.
مسعود رجوی نیز علت اصرار خمینی در ادامه جنگ را این‌گونه توضیح می‌دهد:
«در مورد ادامه جنگ با عراق، آخر کدام رژیمی می‌آید مسأله جنگ را (در حالی که چنین دشمن داخلی هم دارد) این‌قدر طولانی می‌کند؟ مگر عقلش کم شده؟ مگر نیست که هر آدم عاقلی ترجیح می‌دهد در یک جبهه بجنگد تا در دوجبهه؟ خوب، پس چرا نباید رژیم هر چه زودتر مسأله جنگ با عراق را فیصله می‌داد تا بیشتر به ما بپردازد؟ مگر در صلح و سازش و حتی وطن‌فروشی و خیانت، دست خمینی بسته بود؟ مگر صد بار وطن‌فروش‌تر از شاه نیست؟ مگر از قرارداد گروگانها گرفته تا قیمت نفت، خمینی حد و مرزی در خیانت می‌شناسد؟ وانگهی مگر به‌طور غریزی و حسی هم شده، منافع خودش را نمی‌فهمد؟»
مسعود رجوی با اثبات این‌که مسأله خمینی صلح نیست و از جنگ اهداف دیگری را دنبال می‌کند افزود:
«اما مسأله‌ٔ خمینی اینها نیست. مسأله اصلی او این است که بایستی برای ترور و برای کشتار و اختناق داخلی و سرکوب ما، بهانه‌ٔ اجتماعی و سیاسی بتراشد و لذا از جنگ خارجی استقبال می‌کند. یعنی ترور و خفقان و کشتار را بایستی با کشتار و ویرانی و خرابی بیشتر در مرزها، برای بقاء سلطه‌ٔ ننگین خودش، استمرار بدهد والا در حکومت نخواهد ماند. والا نخواهد توانست شما را ستون پنجم و عامل امپریالیسم و امثالهم خطاب کند».
به همین علت مسعود رجوی با برافراشتن پرچم صلح یک کارزار بزرگ بین‌المللی علیه سیاست جنگ‌طلبی خمینی به راه انداخت. اما در اینجا هم متوقف نشد و با عزیمت به عراق و پذیرفتن هزار مارک و تهمت و شیطان‌سازی وارد میدان شد.
مسعود رجوی در ضرورت جنگیدن برای صلح و گام برداشتن در این مسیر گفت:
«هر آن‌کس که به‌راستی از جنگ و سرکوب و کشتار متنفر است، هر آن‌کس که وطنش را و مردم میهنش را دوست دارد و مدعی خدمت به آنهاست و هر آن‌کس که در قبال ایران و ایرانیان و در قبال صلح و آزادی و در قبال هزاران هزار اطفال یتیم و زنان بیوه و خانواده‌های داغدار و آواره احساس مسئولیت می‌کند، ابتدا باید از کرسی جنت مکانی به زیر بیاید. باید که خطر کند. باید که چاره عملی و واقعی بیندیشد. آن رهبری و آن نیروی سیاسی که در مقابل تضادها و مسائل مشخص، از ارائهٔ راه‌حلهای مشخص عاجز است، به طرز دردناکی محکوم به خفت و شکست است.
تاریخ هیچ‌گاه نسبت به آنهایی که در برابر بلایا و مصیبتهای سیاسی و اجتماعی، دست روی دست می‌گذارند یا دست در جیب می‌کنند و فیلسوفانه نظاره می‌فرمایند و یا فقط از آنها که در کشش و کوششند، بل می‌گیرند، مهربان نیست. تاریخ جدیست و این پا و آن پا نمی‌کند. تنها به آه و افسوس از جنایات خمینی یا سر تکان دادن در برابر رقم شگفتی‌آفرین کشته‌ها و مجروحان جنگ قانع نیست!... »
مسعود رجوی در بخش دیگر به روشهای پراتیک و کنار گذاشتن محاسبات بازاری و کاسبکارانه و نترسیدن از تهمت‌های خمینی ساخته اشاره کرد و گفت:
«باید برای برخورد با مسائل جنگ و اختناق، راه‌حلها و روشها و تاکتیکها و استراتژی مشخص داشت.
اگه جنگ ضد‌مردمی است، باید جلوی آن ایستاد! به هرقیمت! مجاهدین، این کار را کردند و از هیچ تهمت و افترایی هم نترسیدند!» (جعبه سیاه جنگ ایران و عراق)
سرانجام پس از تشکیل ارتش آزادیبخش و یک صد رشته عملیات و فتح شهر مهران توسط مجاهدین خمینی جام‌زهر آتش‌بس را سرکشید و جنگی که تمام سرمایه و امکانات مردم و کشور را با نابودی کشاند و می‌رفت تا آخرین خشت و خانه میهن را نابود کند به همت و ارادهٔ مسعود رجوی پایان یافت و خمینی پذیرش آن را تلخ‌تر از زهر نامید.
